Sebagai ujung tombak dalam pelaksanaan akademik di lingkungan ISID Gontor, Biro Administrasi Akademik dan Kemahasiswaan (BAAK) berfungsi sebagai pelaksana akademik yang mengkoordinasi dan mengelola sumber daya yang ada demi terlaksananya proses pendidikan di ISID Gontor. Dalam menjalankan fungsi dan tugasnya, BAAK dituntut untuk selalu berkoordinasi dengan fakultas/jurusan yang ada sehingga tidak terjadi miscommunication dan misunderstanding dalam setiap kebijakan akademik yang diambil. Hal ini disebabkan karena adanya benang merah yang jelas antara fakultas/jurusan dengan BAAK dalam penyelenggaraan akademik di lingkungan ISID Gontor. Di samping itu kerjasama kelembagaan dengan lembaga struktural lain yang ada di lingkungan ISID Gontor mutlak diperlukan, hal ini ditujukan agar penyelenggaraan akademik berjalan dengan lancar sehingga visi, misi dan tujuan institusional bisa tercapai dan pada gilirannya akan menghasilkan out put yang sesuai dengan cita-cita ISID.