Biro Administrasi Umum (BAU) bertanggung jawab melaksanakan administrasi secara umum di lingkungan ISID Gontor. Dalam melaksanakan tugasnya BAU dituntut untuk selalu mengedepankan kerja sama kelembagaan dengan lembaga struktural yang lain. Hal ini ditujukan demi terwujudnya administrasi institusional yang rapi sehingga terjadi percepatan peningkatan mutu baik secara kualitas maupun kuantitas. Diantara wilayah kerja yang paling signifikan dari BAU adalah pengangkatan dan kepangkatan dosen, akreditasi seluruh program studi, pengadaan perlengkapan tata usaha, dan penyusunan program rutin.