Biro Penelitian dan Publikasi adalah lembaga penelitian di lingkungan ISID Gontor yang bertanggung jawab dalam masalah penerapan Tri Dharma Perguruan Tinggi khususnya dharma penelitian. Sebelumnya, lembaga ini bernama Biro Penelitian dan Skripsi. Kemudian, sebagai implikasi kebijakan institute bahwa masalah skripsi menjadi tanggung jawab masing-masing dekan, maka nama lembaga ini menjadi Biro Penelitian saja. Selanjutnya pada kesempatan rapat fungsionaris tanggal 10 Agustus 2004, disepakati dan diputuskan, nama lembaga ini menjadi Biro Penelitian dan Publikasi, yang merupakan gabungan antara Biro Penelitian dengan Pusat Studi Ilmu dan Amal (PSIA).

Sebagai lembaga ilmiah, sejak ISID didirikan pada tahun 1963, aktivitas Biro Penelitian ISID belum banyak menghasilkan penelitian yang berarti. Hal tersebut disebabkan oleh belum adanya iklim ilmiah, terutama penelitian, sebagai akibat masih rendahnya minat meneliti di kalangan dosen. Padahal, ISID telah memiliki dosen dengan kualifikasi gelar yang signifikan, yakni setaraf S2 dan S3.

Insittut Studi Islam Darussalam, setidaknya telah “memiliki” Pondok Modern Darussalam Gontor sebagai lahan penelitian yang tidak habis untuk subjek maupun objek penelitian –dalam banyak cabang ilmu pengetahuan-, yaitu para pendiri, guru, kyai, para santri, serta lembaganya sendiri. Modal tersebut akan memunculkan potensi keilmuan yang luar biasa bagi ISID, belum lagi jika dikaitkan dengan sumber daya ISID yang lain, yakni sisi kualifikasi dosen yang dimiliki. Oleh karena itu dalam rangka peningkatan kualitas ISID, tumbuhnya kegiatan penelitian dan kajian ilmiah merupakan hal yang tidak bisa ditawar-tawar lagi.

Di sinilah peran strategis Biro Penelitian dan Publikasi.Biro Penelitian dan Publikasi merupakan unsur pelaksana akademik yang mengkoordinasi, memantau, dan menilai pelaksanaan kegiatan penelitian yang diselenggarakan oleh dosen-dosen baik secara mandiri maupun kelompok. Di samping itu Biro Penelitian dan Publikasi juga ikut mengusahakan dan mengendalikan administrasi sumber daya yang diperlukan. Untuk menjaga intensitas penelitian di lingkungan ISID Gontor, dalam waktu dekat akan segara dibentuk pusat studi yang berfungsi sebagai wadah yang tidak hanya menampung berbagai kegiatan penelitian dari berbagai bidang ilmu yang terdapat di setiap program studi di lingkungan ISID Gontor, melainkan juga sebagai ujung tombak eksistensi dan peran ISID Gontor terutama dalam hubungannya dengan pengembangan ilmu pengetahuan (studi islam), teknologi, kebudayaan, dan da’wah Islamiyah.