Sebagai Perguruan Tinggi yang menjadikan bahasa Arab dan bahasa Inggris sebagai bahasa penghantar perkuliahan, ISID Gontor memiliki Lembaga Bahasa yang eksistensinya ditujukan untuk meningkatkan kemampuan linguistik para mahasiswanya. Hal ini tidak berlebihan karena bahasa Arab, tidak bisa dipungkiri, merupakan bahasa Al-Qur’ansehingga penguasaan atas bahasa tersebut merupakan syarat mutlak untuk bisa memahami agama secara komprehensif dan kaffah. Sedangkan bahasa Inggris, tak diragukan lagi, merupakan syarat wajib untuk bisa berkiprah di dunia internasional.

Lembaga bahasa dalam melaksanakan tugasnya selalu berusaha mengoptimalkan sumber daya yang ada demi membumikan bahasa Arab dan Inggris di lingkungan ISID Gontor. Saat ini ISID Gontor telah memiliki dua orang Doktor dalam bidang bahasa Arab dan puluhan master di bidang bahasa Arab dan Inggris. Aspek sumber daya tersebut masih didukung oleh empat laboratorium bahasa yang tersebar di empat kampus yang siap mendukung seluruh program yang dijalankan oleh Lembaga Bahasa.