Dalam sejarahnya, pembukaan fakultas-fakultas yang ada di ISID berdasarkan kebutuhan masyarakat dengan memperhatikan cabang-cabang ilmu keislaman dengan tambahan beberapa materi ilmu pengetahuan umum. Karena itu misi fakultas-fakultas tersebut hingga saat ini masih mencerminkan misi ilmu-ilmu agama Islam.

Pada beberapa fakultas telah dibuka Program Akta IV untuk para sarjana non-fakultas Tarbiyah.

Secara lengkap profil fakultas, jurusan dan program studi yang ada di ISID sebagai berikut:

1. Fakultas Tarbiyah:

• · Jurusan Pendidikan Agama Islam terakreditasi BAN-PT dengan nilai A.
• · Jurusan Pendidikan Bahasa Arab terakreditasi BAN-PT dengan nilai B.

2. Fakultas Ushuluddin:

• · Jurusan Perbandingan Agama terakreditasi BAN-PT dengan nilai A.
• · Jurusan Aqidah dan Filsafat terakreditasi BAN-PT dengan nilai B.

3. Fakultas Syari’ah:

• Jurusan Perbandingan Madzab dan Hukum terakreditasi BAN-PT dengan nilai A.
• Jurusan Mu’amalat terakreditasi BAN-PT dengan nilai A.