Usaha untuk mencapai visi pusat studi terkemuka dalam melahirkan sarjana mukmin muslim di bidang akidah  dan filsafat untuk mewujudkan masyarakat islami dengan tetap “berjiwa Pondok” dilaksanakan dengan perencanaan dan strategi pengembangan lanjut.

Mendidik dan mengembangkan SDM dalam bidang akidah dan Filsafat yang memiliki komitmen keislaman, integritas keilmuan dan kepribadian serta memiliki kepedulian terhadap berbagai problematika umat dan bangsa adalah misi Program Studi Aqidah dan Filsafat.

Tujuan dan sasaran yang ditetapkan oleh Program Studi Aqidah dan Filsafat (PS AF) adalah lulusan yang sanggup berkhidmat kepada agama, bangsa, dan negara dalam bidang aqidah dan ilmu-ilmu keislaman yang sanggup menghadapi tantangan di masyarkat. Di tengah pergumulan dan pelunturan nilai-nilai Islam, lulusan diharapkan tetap eksis dan dapat mengembangkan kemampuan di bidang penelitian dan pengabdian kepada masyarakat. Mengawal akidah umat dan menjadi perekat umat.

Kemahasiswaan, Seleksi calon mahasiswa baru pada PS AF dilakukan dengan cermat dan ketat. Secara garis besar bisa dijelaskan bahwa seleksi calon mahasiswa dilakukan dengan dua jalur ; dengan tes dan non tes. Sistem seleksi melalui non-tes hanya diberlakukan kepada alumni KMI Gontor (jenjang KMI setara dengan SMA, dan  ijazah KMI Gontor telah mendapat PERSAMAAN dari Depag tahun 1999 dan Diknas tahun 2000) yang berprestasi dengan kualifikasi jayyid (memuaskan), jayyid jiddan (sangat memuaskan), dan mumtaz (cumlaude).

Adapun penerimaan mahasiswa dengan tes diberlakukan untuk lulusan non KMI Gontor dengan memenuhi persyaratan. Diantara syarat penting yang harus dipenuhi adalah menguasai Dirasah Islamiyah dan mampu berbahasa Arab dab Inggris aktif maupun pasif. Sehingga Program Studi Aqidah dan Filsafat memperoleh raw input yang relatif sama baik (homogen) untuk pengembangan berikutnya. Meskipun mahasiswa PS AF mempunyai latar belakang sosio-ekonomi yang beragam.

Pelibatan mahasiswa dalam program pembinaan sudah dilaksanakan secara efektif. Pembinaan mahasiswa yang dimaksud meliputi upaya peningkatan kepemimpinan, penalaran, minat, dan kegemaran mahasiswa.

Kegiatan ekstra kurikuler sudah berjalan efektif, terjadwal dan terorganisasi dalam Unit-unit Kegiatan Mahasiswa (UKM); Klub-klub kegiatan mahasiswa yang muncul di lingkungan mahasiswa antara lain, di bidang kajian ilmiah: klub kajian pemikiran Islam, pendidikan dan kepesantrenan, ekonomi Islam, Hukum Islam, Qur’an dan Hadits.

Pelayanan untuk mahasiswa berupa: Perwalian (bersifat akademik dan konseling pribadi) yang dilaksanakan secra rutin setiap rabo pagi, Bantuan tutorial, Konseling Mahasiswa (mental dan fisik). Pelaksanaan layanan-layanan tersebut di atas berjalan cukup efektif karena sistem pesantren mahasiswa dan dosen tinggal 24 jam di satu kampus.

Dosen dan Tenaga Pendukung, untuk menjadi dosen PS AF tidak hanya kompetensi dalam bidang keilmuan saja namun banyak aspek lain yang perlu dipertimbangkan dalam penerimaan dosen. Maka ditetapkan kualifikasi sebagai berikut;  Beriman dan bertaqwa kepada Allah SWT; Berwawasan Pancasila dan UUD 1945; Memahami sepenuhnya jiwa, visi, misi, tujuan dan sistem pendidikan Pondok Modern Darussalam Gontor Ponorogo; Mempunyai moral dan integritas yang tinggi; Memiliki rasa tanggung jawab yang besar terhadap masa depan bangsa, negara dan agama. Memiliki kualifikasi sebagai tenaga pengajar bidang akidah dan filsafat, berkemampuan mengadakan penelitian di bidang akidah dan pengembangan masyarakat.

Selanjutnya, proses penempatan dosen diserahkan kepada Fakultas. Dalam hal ini Fakultas memiliki kewenangan mengelola SDM secara penuh, sampai pada penilaian konduite setiap SDM yang berada di Fakultas. Adapun kewenangan yang dimiliki Prodi adalah memberikan beban tugas kepada dosen yang bersangkutan.

Adapun kode etik dosen tertuangkan dalam buku pedoman khusus dosen, meliputi tata krama dalam perkuliahan, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat. Sedangkan penghasilan, kesejahteraan, dan tunjangan dosen diatur tersendiri dalam aturan yang ditetapkan oleh rektor.

Dosen PS AF diwajibkan memiliki kualifikasi sebagai tenaga pengajar akidah dan filsafat dan dibuktikan dengan ijazah sekurang-kurangnya S1 di bidang akidah atau filsafat, dan berkemampuan mengadakan penelitian dan pengembangan di bidang akidah dan kemasyarakatan. Pada kenyataanya dosen PS AF adalah alumnus universitas terkemuka di Timur Tengah. Dengan demikian sangat memadai apabila dilihat dari kompetensinya.

Kurikulum; Muatan kurikulum lokal di PS AF berada pada kisaran 40%. Kurikulum lokal tersebut secara garis besar dibutuhkan untuk menyelaraskan kebutuhan lembaga dalam kaitan pencapaian visi-misi dan tujuan lembaga dan Prodi.

Selaian itu, muatan lokal tersebut juga dalam rangka memenuhi kebutuhan individu mahasiswa dan lembaga tertentu. Hal tersebut bisa dimaklumi, sebab sebagian mahasiswa ISID adalah utusan lembaga pendidikan seperti pesantren dan yayasan yang sengaja menyekolahkan kadernya untuk belajar di ISID.

Lulusan diharapkan memiliki kerpibadian (integritas moral keislaman tinggi, menyadari dan melakukan aktualisasi diri) dan kompetensi sosial dan bersikap kritis-terbuka terhadap perkembangan masyarakat.

Sarana dan Prasarana; Secara umum pengelolaan infrastruktur dilakukan secara bersama antara Yayasan dan Institut, sesuai dengan jenis dan volume tanggungjawab masing-masing. Pada tingkat yayasan ditangani oleh ketua Yayasan Pemeliharaan dan Perluasan Pondok Modern (YPPWPM), sedangkan pada tingkat Institut ditangani oleh Pembantu Rektor II. Sistem pemerolehan prasarana sudah menjamin keberlanjutan (sustainability).

Sarana-sarana pokok dan sarana penunjang seperti ruang kuliah, asrama, laboratorium, perpustakaan, sarana penunjang perpustakaan dan sarana olah raga kesemuanya telah tersedia. Tersedia pula sarana penunjang kegiatan ekstra kemahasiswaan yang pada prinsipnya telah terpenuhi kecukupannya.

Secara garis besar Pendanaan, yang diperoleh oleh Institut dan Prodi berasal dari tiga sumber.    pertama, dari mahasiswa dalam bentuk dana Sumbangan Penyelenggaraan Pendidikan (SPP) yang dibayarkan pada awal semester atau diangsur per-bulan. kedua, dari kucuran YPTD (Yayasan Perguruan Tinggi Darussalam). Ketiga, dari sumbangan perorangan atau lembaga swasta atau pemerintah yang tidak mengikat

Akuntabilitas keuangan relatif transparan kepada Pembantu Dekan II untuk tingkat Fakultas dengan tembusan kepada Pembantu Rektor II untuk tingkat Institut, dalam bentuk laporan bulanan dan atau laporan dua mingguan dan atau setelah suatu kegiatan selesai dilaksanakan. Alokasi dana sesuai dengan apa yang tercantum dalam SP4.

Tata Pamong (Governance); Organisasi yang disusun relatif baik (efisien dan realistik), dengan nilai-nilai luhur Islam-pesantren yang kental kepemimpinan model “kyai” tanpa meninggalkan manajemen perguruan tinggi profesional seperti mekanisme hubungan Rektor, Dekan, Pembantu Dekan, dan Kepala Program.

Walaupun kepemimpinan di lingkungan ISID sangat kental dengan nuansa kepemimpinan model pesantren, namun hal tersebut tidak mengurangi kekritisan terhadap kebijakan pimpinan ISID. Auto-critic senantiasa dibangun dari bawah, karena kalau kita cermati, kepemimpinan di lingkungan ISID lebih bercorak “rasional” dari pada “kharismatik” .

Dengan prinsip musyawarah, Pengelolaan Program dapat dilaksanakan dengan efektif dan efisien. Bersifat formal dan informal, karena memang dijalankan dalam lingkungan dan tradisi pesantren. Terkontrol dengan baik dengan rapat mingguan yang pelaksanaanya sangat konsisten. Sedangkan  perencanaan dan pengembangan program terumuskan dalam Renstra dan Renop. Berdasarkan itu jaminan mutu Prodi dapat terlaksana dengan baik.

Proses Pembelajaran; Relevansi bahan kuliah dengan visi, misi dan tujuan dapat dikatakan telah tercapai. Indikator yang dapat dilihat: dosen mengajar dengan persiapan, bahasa pengantar dengan bahasa Arab atau Inggris, suasana belajar yang kondusif, dan ketuntasan masa studi rata-rata 4 tahun.

Sebagian dosen belum maksimal memanfaatkan sumber dan media pembelajaran meskipun semuanya telah difasilitasi lembaga, beberapa mahasiswa (jumlahnya sangat kecil) tidak dapat menuntaskan masa studi yang wajar hingga hampir drop out, hal-hal tersebut yang harus dicarikan jalan keluarnya.

Suasana Akademik; Interaksi dosen-mahasiswa, mahasiswa-mahasiswa, dosen-staf administrasi-pimpinan terjalin sangat harmonis. Tersedia sarana untuk memelihara interaksi dosen-mahasiswa, baik di dalam dan di luar kampus, relatif memadai dan efektif untuk menciptakan iklim akademik.

Dengan 24 jam mahasiswa tinggal di asrama, memungkinkan semua kegiatan dilaksanakan dengan baik dan terkontrol. Konseling mahasiswa dapat terpenuhi sesuai harapan. Meskipun sistem pesantren juga mempunyai kelemahan apalagi dilaksanakan untuk pendidikan tinggi, namun kelebihannya lebih dapat dirasakan secara langsung.

Sistem informasi yang tersedia sudah sesuai dengan kebutuhan Stake-holders dan untuk meningkatkan kualitas pelayanan administrasi akademik. Namun sistem pelaporan kegiatan kepada wali mahasiswa masih perlu peningkatan terutama di bidang IT-nya.

Sistem informasi yang digunakan oleh Prodi bersifat standar, baik dalam bidang kemahasiswaan, administrasi, manajemen, keuangan, dan ketenagaan. Dana untuk pengembangan sistem informasi dialokasikan secara efisien setiap tahun melalui SP4 .

Sistem Jaminan Mutu; Strategi pembinaan mutu ke dalam dilakukan dengan monitoring perkuliahan melalui jurnal kuliah dan angket kepuasan mahasiswa. pengembangan sistem berjalan efektif, dilakukan setelah melalui serangkaian kegiatan assesment terhadap proses dan hasil belajar mahasiswa secara berkesinambungan. Penjaminan mutu lebih dititik beratkan pada peningkatan mutu ke dalam.

Pada tingkat Prodi dilakukan kajian kurikulum, evaluasi mutu yang berkelanjutan, dan memanfaatkan hasil evaluasi internal yang dilakukan perseorangan atau komisi/tim yang ditugaskan membuat asesmen terhadap program-program internal.

Lulusan; Hampir dapat dikatakan kompetensi lulusan mencapai 90% lebih dari harapan. Dari hasil pelacakan lulusan diperoleh data yang mengembirakan, hampir tidak ditemukan keluhan terhadap (mutu) lulusan apalagi lulusan yang menjadi pengangguran.

Pencapaian kompetensi lulusan diasumsikan sangat baik, walau tidak nyata dalam hasil studi berupa IPK menjadikan kepuasan lulusan juga cukup tinggi. Dilingkungan ISID, ada rumor bahwa penilaian (ujian) mahasiswa oleh dosen termasuk “mahal”, hal  tersebut tidak tidak selalu benar, sebab dosen dalam menilai (ujian) mahasiswa lebih menetapkan standar tinggi semata untuk kehati-hatian dan jaminan kualitas lulusan.

Profesi yang banyak dijalani lulusan adalah sebagai tenaga pendidik, tentu saja sesuai dengan kompetensi profesionalnya dan itu sebagai salah satu misi pendirian lembaga sebagai bentuk khidmat (pengabdian) kepada masyarakat. Banyak juga lulusan yang melakukan studi lanjut (S2), yang tersebut sangat mungkin dilakukan apalagi ISID mempunyai jaringan kerja sama yang luas di dalam dan di luar negeri. Selama ini tidak ditemukan keluhan yang berarti dari pengguna lulusan langsung seperti pesantren dan sokalah, juga dari PT tempat lulusan melanjutkan studi.

Penelitian dan Pengabdian (kepada) Masyarakat; Hubungan kerjasama dan kemitraan penelitian antara Prodi dan lembaga dalam negeri terjalin dengan baik, yaitu melalui proyek penelitian yang relevan khususnya dari Ditjen Binbaga Islam Departemen Agama. Pada tahun 2007 ini, beberapa dosen ISID telah memenangi beberapa penghargaan dalam lomba tulis-menulis yang diadakan Departemen Agama di UIN Yogyakarta.

Meskipun demikian, kualitas dan produktivitas penelitian yang dilakukan oleh dosen belum ideal khususnya aspek metodologi dan tema penelitian yang dipilih. Adapun kerja sama dosen dan mahasiswa dalam penelitian masih sangat terbatas, kecuali pada proses pembimbingan dalam penulisan skripsi sebagai tugas akhir.

Khusus skripsi, mahasiswa diwajibkan menulisnya dalam bahasa Arab atau Inggris, dan ini adalah salah satu kelebihan yang dimiliki ISID. Sedangkan publikasi hasil penelitian dan karya tulis dosen dan mahasiswa masih terbatas pada jurnal-jurnal yang dimiliki Institut dan Fakultas.

Agenda pengabdian kepada masyarakat cukup jelas dan terprogram setiap semester. Pengabdian diselenggarakan di banyak wilayah/lokasi yang berbeda-beda dan bergantian. Keberlanjutan pengabdian dalam arti tindak lanjut atau implementasi belum dapat dipantau, karena lebih memperhatikan aspek pemerataan lokasi pengabdian.

Kualitas dan produktivitas pengabdian kepada masyarakat yang dilakukan oleh dosen sudah ideal khususnya aspek metodologis dan tematiknya. Intensitas pengabdian kepada masyarakat cukup karena Prodi melibatkan hampir semua dosen tetap sekaligus sebagai anggota tim pengabdian kepada masyarakat, khususnya KKN dan Bhakti Sosial; dengan mutu baik. Dari hasil pengamatan, KKN yang dilaksanakan selalu mendatangkan kesan mendalam dan positif. Dengan prinsip “DI ATAS DAN UNTUK SEMUA GOLONGAN”, menjadikan pengabdian yang dilakukan di lingkungan ISID cenderung dapat diterima di semua lapisan masyarakat sebagai perekat umat.